La conciencia es de gran importancia en la vida moral, de ella se derivan la dignidad de la persona y el reconocimiento de sus derechos. Por consiguiente, el valor preponderante de la ley positiva ha debido ceder su dominio a la dimensión del sujeto en la actuación del ser humano. De modo especial, en la cultura moderna se ha estimado más el valor de la persona humana y el sujeto, como fuente de la moralidad. Con todo, la conciencia no careció de trascendencia en el mundo antiguo.
En Grecia el fenómeno de la conciencia se designaba con la palabra syneidesis (syn con y oida conocimiento). Especialmente en la corriente estoica se subraya la interioridad de la conciencia ante los factores externos. Además, se insinúa la dimensión trascendente, de donde derivan los principios fundamentales de la moral. En la tradición romana Séneca llega a mencionar la cercanía de Dios: “que radica en nosotros, más aún, en nuestro interior”. También en el libro de los Proverbios (Prov 20, 27) se menciona la conciencia como la lámpara interior que proviene de la Trascendencia e ilumina “los aposentos oscuros de las entrañas”. En el pensamiento contemporáneo Viktor Frankl va a aludir a este aspecto trascendente de la conciencia en su libro La presencia ignorada de Dios.
La teoría del derecho sostiene una sana relación entre moral y derecho. Ante todo, las leyes positivas obligan en conciencia. Esta obligación debe provenir de un análisis crítico, ya que, si la ley positiva va en contra de las normas básicas de la ética, no debe ser obedecida. Lo anterior ha dado origen a la llamada modernamente, objeción de conciencia. En la tragedia griega Antígona, es de gran elocuencia la defensa que esta heroína hace ante el dictador Creonte, que le prohíbe enterrar a su hermano: “no creo que tus órdenes tengan una autoridad tal que un mortal pudiera permitirse violar las leyes no escritas, pero imprescindibles de los dioses. Pues estas leyes no son de hoy ni de ayer, sino desde siempre y nadie sabe cuándo fueron promulgadas”.
Ahora bien, la objeción de conciencia cobra especial relevancia en la profesión médica, que subraya la defensa de la vida en sus códigos deontológicos como precepto básico de su profesión. Así, la Asociación Médica de la Comunidad Británica enfatiza: “Respetará la vida y evitará escrupulosamente hacer daño o lesión” (art. 3), e igualmente, el Código deontológico francés, art. 10 y 23, y la solemne promesa de los médicos alemanes (Düsseldorf, 1976), entre otros muchos.
El ejercicio de la objeción de conciencia, se da frecuentemente ante las dictaduras. Etienne de la Boétie en un breve ensayo, Discurso de la servidumbre voluntaria (1548) subraya que la fuerza de los tiranos radica en la pasividad, indolencia y miedo de los súbditos… La sociedad está sujeta a algunas tiranías y sumisiones más o menos graves. Este ensayo fue un parteaguas en la historia de las ideas: despertar del inmovilismo y de la sumisión servil del pueblo es un arma de liberación. La resistencia oculta en Dinamarca, durante la ocupación nazi, y la independencia de la India del yugo inglés, son claros ejemplos, entre otros, de que las dictaduras y los colonialismos prosperan solo ante súbditos sumisos o anestesiados. En ocasiones la objeción de conciencia no es opcional, sino obligatoria: en el juicio de Núremberg los oficiales nazis en vano adujeron como defensa que obedecían órdenes superiores.
Podemos señalar como fuentes de la objeción de conciencia, a) Los preceptos del derecho natural, o derecho supra legal como lo llamó Radbruch. Este derecho ha tomado relevancia debido a los estudios de Xavier Dijon, Javier Hervada, A. Sériaux y John Finnis, entre otros. b) Los derechos humanos como determinación jurídica del derecho natural, tal como lo destaca Jesús Lima Torrado. c) Los imperativos religiosos fundamentales, que respetan la autonomía del Estado laico, pero acotan su pretensión de poder absoluto. d) Los ideales humanistas, tópicos sensibles a la dignidad de la persona humana y del bien común de la sociedad. Albert Camus señalaba que desobedecer la ley del Estado, por razones humanistas, es una señal de madurez política.
A la protesta de Antígona, entre otras muchas, podemos aducir la de grandes líderes sociales y políticos, como la de Thomas Moro, David Henry Thoreu, Gandhi, Martin Luther King Jr., y el rey Balduino I de Bélgica. Actualmente el derecho a la objeción de conciencia progresivamente ha sido aceptado en diversas constituciones. En 1993 el Comité de Derechos Humanos de las Naciones Unidas al comentar el art. 18 del Convenio Internacional de Derechos Civiles y Políticos, habla expresamente del “derecho a la objeción de conciencia”.